Общая площадь Москвариума — 12 000 м². В комплексе представлены 5 основных экспозиционных зон: тропический риф, Амазонка, северные моря, главный прогулочный аквариум и амфитеатр дельфинария. Более 500 видов морских и пресноводных обитателей.
Крупная экспозиция в правом крыле первого этажа. Реконструкция кораллового рифа Индо-Тихоокеанского региона: коралловые полипы, рыбы-клоуны, императорские рыбы-бабочки, мурены, груперы, лучи-рифовые акулы, гигантские скаты, морские черепахи. Панорамные окна во весь рост позволяют наблюдать за обитателями с близкого расстояния. Дети особенно ценят рыб-клоунов (тех самых «Немо»).
Пресноводная тропическая экспозиция. Основные обитатели: пираньи, электрические угри, аравана серебристая, гигантский пресноводный скат моторо, крокодилы каймана, зубастые арапаимы (одна из крупнейших пресноводных рыб в мире). Также представлены амфибии — древолазы, ядовитые лягушки, тарантулы в отдельных террариумах. Общая температура помещения поддерживается на уровне 26°C, влажность 70-80%.
Северные моря России и Арктики. Основные обитатели: атлантические тюлени, кольчатые нерпы, полярные тюлени, морские зайцы. Отдельный крупный бассейн с двумя белухами — их можно наблюдать через подводные окна первого этажа и с обзорной площадки второго. Температура воды в бассейнах поддерживается на уровне 4-8°C, что естественно для этих обитателей.
Основная точка притяжения комплекса. Огромный бассейн объёмом 1 миллион литров с прозрачным акриловым тоннелем длиной 12 метров. Посетители проходят под водой, а над головой плавают: акулы-няньки, черноперые рифовые акулы, зебровые акулы, гигантские мохнатоголовые скаты, барракуды, рыбы-пилы. Обычно этот аттракцион занимает у гостей 15-20 минут — рекомендуем не торопиться.
Крупнейшая площадка представлений: амфитеатр на 2500 мест, главный бассейн объёмом 5 миллионов литров с подводными окнами. Ежедневно проходят водно-музыкальные шоу продолжительностью 45 минут. Программа включает акробатические номера дельфинов-афалин, показательные выступления белух, синхронное плавание, номера с морскими котиками, финальную водно-световую композицию. Первые три ряда — «мокрая зона», дождевик можно взять на входе.